三年制专转本和五年制专转本的主要区别在于专科起点的不同、考试地点及院校、考试科目，本科招生院校等方面的不同。
1、专科起点不同三年制大专是以高考为起点，统一参加高考并且过了大专录取分数线之后，被大专院校录取，就读三年，称为三年制大专。五年制大专是以中考为起点，初中生通过在中专、技校或高职学校里就读五年，称为五年一贯制大专。
2、考试地点及院校，三年制专转本是在专科生三年级第二学期的三月份参加转本考试，每个城市均设有考点，全省有多个院校可以报考。而五年制专转本是在五年级第二学期的3月份参加转本考试，全省只有部分院校可以考，考试通常在主考院校内进行。
3、转本考试科目不同三年制专转本考试内容，公共课语文/数学+英语四级/日语四级（最高分折算）+19类专业课（理论150分+技能80分）=500分；五年制专转本考试内容：校考英语100分+校考专业课一+校考专业课二=300分。
4、本科招生院校不同，三年制专转本招生院校：50多所本科院校，其中公办本科占多数，有双一流院校，如南京信息工程大学/南京林业大学/南京邮电大学；重点公办本科院校如江苏大学/南京工业大学/扬州大学/南京审计大学等。五年制专转本招生院校：约17所本科院校！其中非师范类院校：南京晓庄学院/江苏第二师范学院/金陵科技学院/南京传媒学院/南京工业职业技术大学/南京师范大学中北学院/三江学院/南京师范大学泰州学院/淮阴工学院/盐城工学院/苏州城市学院/苏州大学应用技术学院/南通理工学院/南京医科大学康达学院共十四所。师范类院校：江苏第二师范学院/常州工学院/泰州学院/盐城师范学院共四所。
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综上所述，三年制专转本和五年制专转本在专科起点的不同、考试的地点及院校、考试科目、本科招生院校等方面存在显著差异。
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